มีคำใบ้ตรง ๆ น้อยลง และต้องติดตามตัวเลือกอย่างเป็นระบบมากขึ้นเพื่อหลีกเลี่ยงการเดา
กระดานซูโดกุ 9×9 ใช้ปุ่มลูกศรเพื่อย้ายระหว่างช่อง; Home และ End ไปต้นหรือท้ายแถว; Ctrl หรือ Command + Home/End ไปช่องแรก/สุดท้ายของกระดาน ปุ่ม 1–9 ใส่ตัวเลขตามโหมดปัจจุบัน; Shift + 1–9 เพิ่มโน้ตอย่างรวดเร็วโดยไม่ต้องเปิดโหมดโน้ต; 0, Delete หรือปุ่มจุดบนแป้นตัวเลขใช้ล้างช่อง; N สลับโหมดโน้ต, A สลับตัวเลือกอัตโนมัติ และ Space หยุดเกมชั่วคราว
ระดับ 1–2 ให้คำแนะนำอย่างเดียวและไม่หักโควตาคำใบ้; ระดับ 3 จึงจะทำขั้นตอนแก้จริงและใช้คำใบ้ 1 ครั้ง
เลือกช่องว่างเพื่อดูตัวเลือกที่ใช้ได้
ตัวเลือกอัตโนมัติและสถานะโหมดโน้ตจะถูกจำแยกสำหรับคลาสสิก/คิลเลอร์ ส่วนสถานะหยุดชั่วคราวและความคืบหน้าเกมจะไม่ซิงค์เป็นค่ากำหนด
ระดับยากต้องดูแลตัวเลือกอย่างระมัดระวัง เมื่อไม่มีซิงเกิล ให้หาคู่เปลือย คู่ซ่อน และตัวเลือกที่ถูกล็อกให้อยู่ในแถวหรือคอลัมน์เดียวภายในบล็อก
ซูโดกุระดับยากเหมาะกับผู้เล่นที่ใช้ตัวเลือกได้คล่องแล้วและไม่ต้องพึ่งซิงเกิลที่เห็นชัด เกมหลายเกมต้องสังเกตคู่เปลือย คู่ซ่อน หรือ ตัวเลือกที่ถูกล็อก ก่อนจึงจะเปิดขั้นตอนถัดไปได้
ในระดับนี้ ความแม่นยำสำคัญกว่าความเร็ว โน้ตผิดเพียงตัวเดียวอาจทำให้โซ่การอนุมานต่อจากนั้นควบคุมยาก จึงควรอัปเดตตัวเลือกทันทีหลังการตัดที่แน่นอนทุกครั้ง
กระดานรองรับโน้ต ย้อนกลับ หยุดชั่วคราว คำใบ้ และบันทึกความคืบหน้า คุณสามารถเข้าสู่ระบบภายหลังเพื่อซิงค์ความสำเร็จได้
